Det keiserlige dynastiet i Japan er historisk sett betraktet som den samme familien som, stammet fra Yamato-dynastiet som ledet Yamatai-riket , regjerer fra det syvende århundre f.Kr. til i dag, med vekslende maktfaser, på skjebnen til tronen til keiseren av Japan og hvorfra de stammer de forskjellige keiserne i Japan . Det er for tiden representert av den keiserlige familien i Japan .
Dynastiet, ifølge Kojiki ("minner om eldgamle begivenheter") og Nihonshoki ("Annals of Japan"), skulle stamme fra gudinnen Amaterasu , som sendte nevøen sin Ninigi-no-Mikoto for å berolige Japan. Ninigi-no-Mikotos oldebarn var Jimmu og han ble den første keiseren av Japan: det er fra ham den tradisjonelle slektsforskningen til japanske konger starter.
Jinmu [1] og hans første 13 etterfølgere, opp til Chūai , regnes som legendariske herskere. Det er også tvil om de påfølgende fjorten keiserne, fra Ōjin til Senka , som tilsvarer Kofun-perioden (ca. 250-c. 550): moderne historieskrivning mener at herskerenes slektshistorie fra det 6. århundre e.Kr., starter med keiser Kinmei , er pålitelig, som begynner Asuka-perioden (ca. 550-710). Nara - periodene (fra Genmei til Kanmu ; 710-794), Heian (fra Kanmu til Go-Toba ; 794-1185), Kamakura (fra Tsuchimikado til Go-Daigo ; 1185-1333) og Muromachi (fra Go-Murakami til Ōgimachi 1333-1573). Etter den korte Azuchi-Momoyama-perioden, med bare to keisere ( Ōgimachi og Go-Yōzei ; 1573-1603), kommer den lange Edo- eller Tokugawa-perioden (fra Go-Yōzei til Meiji ; 1603-1868). Meiji-renoveringen i 1868 markerer overgangen til moderne japansk historie.
Den japanske keiserfamilien, som stammer fra Yamato-dynastiet , tilhører trolig genetisk Yayoi-folket som ankom Japan i yngre steinalder (ca. 4000 / 2300 år siden) fra Korea og/eller Manchuria. Disse populasjonene bør være nært knyttet til haplogruppe O , og spesifikt til undergruppen O2 (P31), som er utbredt for 31,8 % i Japan, spesielt i typen gruppe O2b1 (i prosentandelen på ca. 22 %), men også svært vanlig. på koreanere. Derfor tilhører det keiserlige dynastiet i Japan (og alle de tallrike japanske adelsfamiliene som antas å ha nedstammet fra det ved sideordnet mannlig linje) sannsynligvis til denne haplogruppen.