Variabelt antall Tandem-repetisjoner

I molekylærbiologi brukes akronymet VNTR ( Variable Number of Tandem Repeats ) for å indikere DNA- polymorfismer der forskjellen mellom de forskjellige variantene ikke er gitt av en nukleotidendring (som det i stedet er for SNP-er - single nucleotide polymorphisms - eller RFLPs ) men ved tandem-repetisjon av spesifikke nukleotidsekvenser. De gjentatte sekvensene til genomet vårt er forskjellige og av ulik opprinnelse og representerer omtrent 44 % av vårt DNA, de som gjentas i tandem er preget av det faktum at repetisjonsenhetene ligger ved siden av hverandre, mens de som er definert spretter de også kan lokaliseres i fjerne punkter fra hverandre (for eksempel retrotransposonene ).

Klassifisering

Vanligvis er VNTR-er videre delt inn i to klasser basert på lengden på den gjentatte enheten:

Analyseteknikker

VNTR-analyse utføres vanligvis ved bruk av restriksjonsendonukleaser som gjenkjenner restriksjonsseter oppstrøms og nedstrøms for den gjentatte regionen. Ved å utsette DNA-prøvene som inneholder repetisjonene for virkningen av restriksjonsenzymene , vil det oppnås sekvenser av ulik lengde og derfor av ulik molekylvekt på grunn av ulikt antall repetisjoner, disse utsettes deretter for en elektroforetisk kjøring som lar dem bli separert. Hvis det brukes markører som binder for eksempel en region oppstrøms for repetisjonen, vil hvert individ som analyseres vise to bånd som tilsvarer det forskjellige antallet repetisjoner på de to allelene som vurderes. Hvis det derimot brukes markører som gjenkjenner sekvenser innenfor repetisjonen, vil bildet av den elektroforetiske kjøringen være mer kompleks siden bilder av forskjellige mikrosatellitter fra forskjellige deler av genomet vil bli overlagret; dette komplekse bildet utgjør det såkalte DNA-fingeravtrykk , en slags unik identifikator for individet som ofte brukes for eksempel i rettsmedisinske analyser.

Relaterte elementer